תקציר:

5 שנים לאחר מאורעות הסרט הקודם, אנשים ברחבי העולם מעדיפים להשמיד את מפלצות-הענק המפורסמות. ארגון מונארך המפורסם, שבראשו ד"ר סריזאווה, עומד בפני פשיטת-רגל, עקב שהסנאטורית מעוניינת להרוג את גודזילה ושאר המפלצות. בינתיים, ד"ר אמה ראסל, ובתה, מדיסון ראסל, חוקרות את מות'רה בשלבי הפגית שלה בברזיל ומנסות להרגיע אותה באמצעות ביו-סונאר המכונה "אורקה",שפיתחה אמה, אך נחטפות על ידי אלן ג׳ונה: אקו-טרוריסט אכזר וחסר רחמים המעוניין לטהר את העולם באמצעות ה"אורקה" ומפלצות-ענק נוספות. כדי לעצור אותו, סריזאווה וכמה מחבריו במונארך קוראים לגרושה של ד"ר ראסל, ד"ר מארק ראסל, החוקר זאבים בקולורדו. מארק, הסובל מפוסט-טראומה על ידי גודזילה ומתקווה שגודזילה ימות, תחילה אינו מסכים אך משנה את דעתו אחר-כך. באנטארקטיקה, ג׳ונה מראה לאמה שהוא רוצה להחיות את מונסטר זירו: דרקון עצום תלת-ראשי שיממש את אחרית הימים, שנכלא בתוך קרחון. מונארך מגיעים למקום, אך מאחרים את המועד: אמה משחררת את מונסטר זירו ממאסרו הקפוא והוא הורג עשרות חיילים ברשות מונארך. גודזילה מגיע למקום ומתפתח בינו לבן מונסאר זירו קרב אלים. בסופו של דבר, מונסטר זירו נמלט בתעופה. מתברר כי אמה הצטרפה לג'ונה מרצון. אמה מתקשרת לארגון מונארך ואומרת להם שהאנושות הרסה יותר מדי את העולם, ושהיא תשחרר 17 מפלצות-ענק נוספות במטרה לתקן את הנזק שגרמו בני האדם- בכל מקום שבו עברו היצרוים, חיים החלו לשגשג שוב. בעודם מגיעים למקסיקו, הר הגעש המקומי שם מתפרץ, וממנו יוצא רודן: פטרנודון געשי ענק הדומה לציפור שיוצא מהר געש כדי להילחם נגד מונסטר זירו, שמגיע למקום אפוף סופת הוריקן ברמה 6. מונסטר זירו מצליח להביס את רודאן ופונה להרוג את אנשי מונארך, אך גודזילה מופיע ונלחם נגד מונסטר זירו. גודזילה כורת בנשיכה את אחד משלושת ראשיו של מונסטר זירו. מתברר כי צבא ארה"ב בנה נשק מתקדם חדש: משמיד-החמצן, פצצה עוצמתית הקוטלת כל יצור חי, כולל מפלצות-ענק, ברדיוס של כ-3 קילומטרים, ושוגרה לכיוונם של גודזילה ומונסטר זירו. הפצצה פוגעת בהם ישירות, אך מתברר כי מונסטר זירו שרד עקב יכולת של חידוש תאים. גודזילה נראה כמת. לאחר שגודזילה מובס, מונסטר זירו מצמיח ראש חדש במקום הכרות, תוך שימוש ביכולת חידוש התאים שלו, מוכתר למלך המפלצות ומצווה על כל שאר מפלצות-הענק לזרוע הרס בבירות העולם. מארק, שמתחרט על שנאתו לגודזילה, מקווה שהאחרון עוד חי איכשהו.