תקציר:

בפרולוג, איל ההון פיטר ויילנד משוחח בביתו עם האנדרואיד הסינתטי החדש שיצר, שבוחר לעצמו את השם "דייוויד" על שם הדגם של פסלו המפורסם של מיכלאנג'לו דייוויד, שנמצא שם. ויילנד אומר לדייוויד כי יום אחד הם יחפשו ביחד את יוצרו האמיתי של המין האנושי מכיוון שהוא מסרב להאמין שהמין האנושי הוא תוצאה של אבולוציה מקרית של הטבע. דייוויד בתגובה תוהה האם תוחלת החיים הבלתי מוגבלת שלו הופכת אותו למעשה לשליטו של יוצרו, שתוחלת חייו האנושית מוגבלת. בשנת 2104, ספינת החלל המיישבת קובננט עושה את דרכה לכוכב המרוחק אוריגה 6, כשעל סיפונה אלפיים מתיישבים ואלף עוברים אנושיים, כולם נמצאים בהקפאה. על הספינה מפקח וולטר, אנדרואיד סינתטי מתקדם הדומה במראהו לדייוויד הישן יותר. פיצוץ ניוטרינו כוכבי מזעזע את הספינה והורג חלק מהמתיישבים. וולטר מורה למחשב הספינה להעיר את צוותה, אבל מפקד הספינה ג'ק ברנסון נלכד בתא ההקפאה שלו ונשרף למוות בתוכו. אלמנתו, דניאלס, מתאבלת עליו וכשוולטר מגיע לנחם אותה הוא מבטיח לה שיסייע לה לבנות את בקתת העץ ליד האגם, כפי שהיא ובעלה תכננו לעשות כשיגיעו לאוריגה 6. תוך כדי תיקון הספינה, הצוות מקבל תשדורת רדיו מכוכב קרוב ובלתי מוכר, שנקרא "כוכב מספר 4". בניגוד להמלצותיה של דניאלס, מחליפו של בעלה, אורם, בוחר לנחות בכוכב ולבדוק את הכוכב. כשספינת החלל נמצאת במסלול מעל הכוכב, צוות גילוי נוחת על פני הכוכב במעבורת ללא כל לבוש מיגון. הם מגלים כי התשדורת הגיעה מספינת חלל חייזרית- במקור ספינת החלל שהתגלתה על ידי הפרומתאוס מספר שנים קודם לכן. בזמן שהותם בכוכב, לדוורד והאלט, שניים מחברי צוות האבטחה של הספינה, נדבקים ללא ידיעתם בנבגים חייזרים. כאשר בריאותו של לדוורד מתרופפת במהירות, קארין לוקחת אותו למעבורת, שם מגי פאריס, טייסת המעבורת ואשתו של טנסי, כולאת אותם בהסגר בתוך המרפאה. מתוך גבו של לדוורד פורץ יצור חייזרי קטן וחיוור (ניאומורפ), שהורג את לדוורד ולאחר מכן מתנפל על קארין והורג אותה באלימות. מגי מנסה לירות בחייזר, אבל בטעות פוגעת בבלוני הגז ומפוצצת את המעבורת. בינתיים, ניאומורפ נוסף פורץ מצווארו של האלט, והורג אותו, ולאחר מכן תוקף את הצוות והורג את אנקור. אדם מסתורי בגלימה מופיע, מבריח את הניאומורפ עם זיקוקים ומוביל את הצוות לעיר עתיקה מלאה בגופות של החייזרים דמויי האדם הנקראים "מהנדסים". האדם מתגלה כדייוויד, ששרד את משימת פרומתאוס והוא מספר להם שכשהוא הגיע עם דוקטור שאו על ספינת החלל החייזרית לכוכב, הם בטעות שחררו לאוויר את הנוזל השחור, שהרג את אוכלוסיית המהנדסים כולה, וכי דוקטור שאו נהרגה בהתרסקות החללית על פני הכוכב. אנשי הצוות הנותרים מספרים לדייוויד על משימתם ומנסים לשדר קריאה לעזרה לקובננט. הניאומורפ ששרד וגדל מאז הולדתו, מסתנן לעיר ומוצא את רוזנטל, חברה בצוות האבטחה, כשהיא לבדה והורג אותה. דייוויד מנסה לתקשר עם היצור, אך אורם הורג אותו למרות מחאותיו של דייוויד. כשאורם מכוון אליו את אקדחו, דייוויד מספר לו שהחייזרים הם תוצאה של ניסויים עם הנוזל השחור, ששימש כזרז ליצירת זן חדש. הוא מוביל את אורם לחדר ההדגרה, שם הוא גורם לו לבוא במגע עם "מחבק פנים" שמטיל בתוכו ביצי חייזרים. כעבור זמן מה, מגופו של אורם פורץ זינומורפ (Xenomorph) והורג אותו.