Synopsis:

L'agent J, autrefois formé par son mentor, l'ex-agent K, continue de réglementer l'activité extraterrestre dans les rues de New York pour l'agence secrète MIB depuis 5 ans. Changeant en permanence de partenaires pour diverses raisons, il se voit confier par Z une nouvelle affaire de meurtre impliquant deux aliens. Durant cette enquête, J décide de ne pas respecter le règlement qui oblige à effacer la mémoire des témoins. Il s'apercevra vite que la terre est (à nouveau) en danger si la "lumière de Zartha" n'est pas très vite retrouvée. Malheureusement pour J, la seule personne sachant où se trouve cette lumière n'est autre que K, actuellement à la retraite. La mission se révèle d'autant plus difficile qu'il faut aider K à retrouver la mémoire avant que la puissante Serleena ne trouve elle aussi l'objet de toutes les convoitises, et ce avant minuit.