תקציר:

בעוד ספינת חלל עוזבת את מסלולו של כדור הארץ, חייזר דמוי אנוש נראה כאשר הוא שותה נוזל מבעבע ושחור ומתחיל להתפרק לגורמים עקב כך. שייריו של החייזר נופלים לתוך מפל המים, וה-DNA מעורר תגובה ביוגנטית, שלבסוף תיצור את בני האדם. בשנת 2089, הארכאולוגים אליזבת' שו וצ'ארלי הולוויי מגלים מפת כוכבים בסקוטלנד, אשר מתאימה לממצאים ארכאולוגים נוספים מתרבויות חוצניות אחרות שאינן קשורות אחת לשנייה. הם מפרשים זאת כהזמנה אישית מחלוצי האנושות בעצמם, חייזרים להם הם קוראים בשם "המהנדסים". פיטר ויילנד, יו"ר המזדקן של תאגיד ויילנד, מממן את בנייתה של ספינת המחקר "פרומתאוס", כדי שתעקוב אחר קואורדינטות מפת הכוכבים לכוכב המרוחק LV-223. צוות הספינה שוכב בתרדמת לכל אורכו של המסע, בעוד האנדרואיד דייוויד משגיח על תפקוד הספינה. הם מגיעים לכוכב הלכת בשנת 2093, ומקבלים פקודות למצוא את המהנדסים. המפקחת על המשימה, מרדית' ויקרס, שמגוריה בספינה מהווים "סירת הצלה" - יחידת מגורים עצמאית ונפרדת, מודיעה להם לא ליצור קשר ראשוני ללא אישורה. הפרומתאוס נוחתת ליד מבנה מלאכותי וגדול, שאותו הצוות חוקר. בפנים הם מוצאים מספר רב של מוטות אבן, מונולית עצום ממדים בצורת ראש אנושי, וגופת חייזר גדול כרות ראש, אותו הם חושבים למהנדס. בנוסף, הם מוצאים גופות נוספות, ומסיקים מכך שהגזע החייזרי נכחד. דייוויד לוקח מוט אבן בחשאי, בעוד נוזל אורגני שחור מתחיל לנזול משאר המוטות. אותו נוזל מתחבר לצורות החיים הזוחלות על פני הקרקע. סערה מתקרבת מאלצת את חברי הצוות לחזור לספינה ביחד עם הראש הכרות, ומילבורן ופייפילד נותרים מאחור במבנה. בספינה, ה-DNA של המהנדס נמצא תואם לזה של בני האדם. לאחר בדיקה שעוררה את מערכת העצבים של הראש, הוא מתפוצץ. בינתיים, דייוויד חוקר את מוט האבן ומגלה כי הוא בעצם מתקן לאכסון מבחנות המכילות את הנוזל השחור. הוא מערבב את הנוזל יחד עם משקה ונותן אותו להולוויי, שאינו חושד בדבר. מעט לאחר מכן, הולוויי ושו מקיימים יחסי מין. בתוך המבנה, תולעת שגדלה לממדים עצומים עקב מגע עם הנוזל השחור ונראית כיצור דמוי נחש תוקפת את מילבורן. פיירפילד חותך בבשרה כדי להסיר את היצור ממילבורן, אך הפצע מרסס חומר חומצתי שמאכל את הקסדה של פייפילד, מה שמותיר אותו חשוף לנוזל השחור, היצור מגדל ראש חדש במהירות רבה וחודר לחליפתו של מילבורן. הצוות חוזר למבנה ומוצא את גופתו של מילבורן. דייוויד מוצא חדר בקרה בו נמצאת גופת מהנדס השרויה בתרדמת, וכן מפת כוכבים שמאירה את מיקומו של כדור הארץ. כך מתגלה כי כוונת המהנדסים הייתה לשוב לכדור הארץ המאוכלס בבני אדם - אותם יצרו, ולשחרר עליהם את הנוזל השחור כדי לגרום להשמדתם ללא הרס הכוכב עצמו, ולהתחיל מחדש ביצירת גזע אחר. הנוזל השחור אותו שתה הולוויי מתחיל לתת את אותותיו ולהדביק את גופו. הוא ממהר חזרה לפרומתאוס, אך ויקרס מסרבת להכניס אותו חזרה לספינה. לבקשתו, היא שורפת אותו למוות עם להביור. מאוחר יותר, סריקה רפואית מגלה כי שו בהריון עם צאצא חייזרי. כך מתגלה כי זוהי הייתה תוכניתו של דייוויד שהיה מודע לקרבה בין הולוויי לשו, ליצור צאצא חייזרי ולהקפיא אותו בתוך שו. שו נמלטת מהצוות שמכין אותה להקפאה ומשתמשת בשולחן ניתוחים אוטומטי הממוקם במגוריה של ויקרס כדי להוציא מתוכה יצור דמוי דיונון בעל ראש מוארך. מתגלה כי ויילנד שכב בתרדמת על סיפון הפרומתאוס, והוא מסביר לשו כי הוא רוצה לבקש מהמהנדסים למנוע את מותו כתוצאה מזיקנה. כשוויילנד מתכנן לעזוב לעבר המבנה, ויקרס פונה אליו בשם "אבא".