תקציר:

אית'ן האנט (מגולם על ידי טום קרוז), בזמן חופשה, מעודכן על ידי ה-IMF שמישהו השתמש בזהותו על מנת לסייע למומחה הרוסי לביו-כימקלים ד"ר וולדימיר נקהורוביץ' (מגולם על ידי רייד סרבדזיג'ה) מחברת ביוקייט תרופות להיכנס לארצות הברית, אך בכוונה ריסק את המטוס במסלולו. נקהורוביץ', חבר ותיק של האנט, יידע את ה-IMF על ביקורו, בו תכנן להעביר ווירוס חדש הקרוי כימרה ואת נוגדנו, בלרופון, אשר אותם הוא נאלץ לפתח על ידי ביוקייט, לידי ה-IMF. עם התרסקות המטוס, ה-IMF מודאג שהווירוס השתחרר, מאמין כי סוכן ה-IMF לשעבר שון אמרוז (מגולם על ידי דאגריי סקוט) אחראי לתאונה. ה-IMF שולח את האנט וצוותו לבדוק זאת, אך מכריח אותו לכלול את ניה נורדוף-הול (מגולמת על ידי טנדי ניוטון), גנבת מקצועית, שכעת פועלת בסֶבִילְיָה, ספרד, אשר תוכל להתקרב לאמברוז. אחרי שהוא מגייס את ניה, האנט פוגש את צוותו, גאון המחשבים לות'ר סטיקל (מגולם על ידי וינג ריימס) והטייס בילי באיירד (ג'ון פולסון) בסידני, אוסטרליה, שם ממוקמים מעבדות ביוקייט ומפקדתו של אמברוז. ניה מתקרבת לאמברוז ומתחילה לחפש מידע הקשור לוירוס כימרה. במירוץ סוסים, אמברוז נפגש בשקט עם מנכ"ל ביוקייט, ג'ון ק. מקלוי (מגולם על ידי ברנדן גליסון), ומראה לו סרטון של השפעת וירוס הכימרה על גופו של אחד מעמיתיו של נקהורוביץ' שנלקח מביוקייט, בכך הוא מאלץ את מקלוי לשתף פעולה איתם. ניה מצליחה לגנוב את הסרטון מספיק זמן על מנת להעביר אותו להאנט וצוותו, אשר מבין שהוירוס כימרה נותן 20 שעות השהייה לפני שהוא גורם למוות תוך השמדה המונית של תאי הדם האדומים של הקורבן. צוות הIMF חוטף את מקלוי ולומד כי נקהורוביץ' למעשה הזריק לעצמו את הכימרה, הדרך היחידה בה יכול היה להבריח את הווירוס מביוקייט, ושהיו בידיו כל הדגימות הידועות מהבלרופון, אשר כעת מצויים בידיו של אמברוז. אמברוז סחט את מקלוי לקנות ממנו את הווירוס ב-£37,000,000 ומבטיח להחזיר את כל הדגימות של הבלרופון. צוותו של האנט מתכנן לפרוץ לביוקייט ולהשמיד את הווירוס. אמברוז, כשהוא מתחזה להאנט, מסדר את ניה וגורם לה לחשוף את תוכניתו של האנט. אמברוז מאבטח את ניה ומתכנן לפשוט על ביוקייט בעצמו כדי לשמור על הוירוס. האנט מצליח להשמיד הכל מלבד דוגמית אחת מהווירוס לפני שאמברוז מפריע לו, וקרב יריות מתפתח. האנט מבין כי אמברוז מחזיק בניה וחודל מלירות, תוך שאמברוז פוקד על ניה להשיב את הדוגמית האחרונה מהוירוס. כשהיא עושה זאת, היא מזריקה לעצמה אותה, ובכך מונעת מאמברוז פשוט להרוג אותה כדי להשיג אותו. כשאמברוז לוקח את ניה ובורח מהמעבדה, האנט מפעיל שעון עצר של 20 שעות ועוזב לפני שהאבטחה של ביוקייט מגיעה.