Synopsis:

Rémy, un jeune rat, vit dans la campagne française avec son père, Django, son frère, Émile, et un clan de rats, dans le grenier de la maison de Mabel, une vieille dame à la retraite. Contrairement aux membres de sa famille, Rémy est un grand admirateur de la cuisine française. Grâce à son odorat très fin, le jeune rat connaît instinctivement les ingrédients à ajouter aux plats pour les rendre meilleurs et plus subtils. C'est pourquoi il se rend furtivement le soir dans la cuisine pour lire un livre de recettes du chef cuisinier étoilé, Auguste Gusteau, mort récemment après la perte d'une de ses étoiles à cause d'un critique culinaire, Anton Ego, qui s'opposait à l'idée fondamentale de Gusteau selon laquelle « tout le monde peut cuisiner ». Un soir, Rémy, accompagné de son frère, est en train de concocter une recette lorsque la propriétaire de la maison les prend sur le fait et les oblige à fuir. Séparé de sa famille et seul dans les égouts, Rémy parle en rêve avec Gusteau, qui le console et le guide jusqu'à son restaurant. Il tombe sur Alfredo Linguini, un jeune commis de cuisine préposé aux poubelles depuis que Skinner, le nouveau chef, a appris qu'il était le fils de la petite amie de Gusteau. Alors qu'Alfredo renverse accidentellement une soupe en passant la serpillière, il essaie de la rattraper et s'apprête irrémédiablement à la gâcher, Rémy s'infiltre dans la cuisine pour sauver le plat en utilisant son talent mais Alfredo l'aperçoit et l'enferme sous une passoire. Skinner remarque à son tour Alfredo à côté de la soupe et vient alors le réprimander : il ne doit pas s'occuper de la préparation des plats, n'ayant aucune formation de cuisinier. Quelques minutes passent, et la soupe est servie à Solène Leclerc, une critique culinaire. Skinner s'apercevant que la soupe servie était celle que Linguini avait modifiée, tente de l'intercepter, mais n'y parvient pas. Il s'apprête à licencier le jeune commis lorsque la critique, ravie par la soupe appétissante, fait parvenir au chef ses félicitations. Alfredo est alors affecté à la préparation des soupes. Pendant ce temps, Rémy, qui a réussi à s'échapper de la passoire, est capturé et enfermé dans un bocal par des cuisiniers. C'est Alfredo qui est chargé de la tâche de s'en défaire. Mais alors qu'il s'apprête à le jeter dans la Seine, il se rend compte que le rat comprend ses paroles et qu'il peut l'aider. Ils acceptent alors de travailler ensemble. Colette, une jeune cuisinière, est chargée de l'apprentissage d'Alfredo mais Skinner, toujours décidé à s'en débarrasser, demande à ce dernier de préparer à nouveau une soupe, certain que le commis n'y parviendra pas. Le jour suivant, le rat s'entraîne à diriger Alfredo, en lui tirant les cheveux, caché sous sa toque de cuisinier. Le commis réussissant ses tâches avec succès, est pris de l'envie de révéler son secret à Colette, mais le petit rat s'y oppose et l'oblige à l'embrasser à la place. Rémy découvre par hasard qu'Alfredo est le fils de Gusteau et réussit à récupérer de justesse les preuves de cette filiation des griffes de Skinner. Alfredo devient alors le chef légitime du restaurant et décide de révéler son secret aux autres cuisiniers. Choqués qu'il doive son talent à un rat, tous décident alors de le quitter, y compris Colette, le soir même où l'horrible critique Anton Ego leur rend visite. Désemparé, Alfredo ne sait plus que faire. Mais la famille de Rémy, qui avait une dette envers lui, vient lui prêter main-forte.