Synopsis:

Trois mois après la défaite de Syndrome dans le film précédent, la famille Parr - Bob, Hélène, Violette, Flèche et Jack-Jack - continuent d'opérer sous leur identité de super-héros, les Indestructibles. Le film commence à partir des derniers moments du film précédent, lorsque les Indestructibles ont essayé d'empêcher le Démolisseur de dépouiller la banque de Metroville. Ce dernier échoue, et les autorités s'inquiètent de l'ampleur des dommages causés par l'incident. En conséquence, Rick Dicker informe la famille Parr que le programme « Super Relocation » de son département est en train d'être fermé, forçant les supers à travers le monde à prendre leur entière responsabilité en permanence et à oublier leurs identités secrètes. Avant de les quitter, il les place dans un hôtel pendant deux semaines. Bob et Hélène, ainsi que Lucius Best - le super héros Frozone - sont contactés par Winston Deavor, un fan de super-héros, philanthrope et magnat dans le domaine des télécommunications et propriétaire de DEVTECH, qui leur propose un coup de publicité pour regagner l'appui du grand public à l'égard des super-héros. Pour remplir cette mission, il invite Elastigirl à braver l'interdiction d'agir en super-héros tout en filmant l'intégralité de ses actes héroïques, la jugeant moins destructrice que Frozone ou M. Indestructible. Dans le cadre de ce plan, Winston fournit à la famille une villa, dans laquelle Bob prend la charge des enfants pendant l'absence d'Hélène. Pendant ce temps, Bob découvre les pouvoirs de Jack-Jack et a tout le mal du monde à les contrôler. En quête d'aide, Bob emmène Jack-Jack chez Edna Mode, une amie de la famille et designer de costumes de super-héros. Elle refuse d'abord de s'occuper de l'enfant jusqu'à ce qu'elle assiste, émerveillée, aux super-pouvoirs du bébé. Bob essaye également de gérer le comportement de Violette, qui vit mal que Rick Dicker ait effacé la mémoire de son amoureux et désigne son père comme responsable car il a informé Rick qu'il connaissait l'identité de Violette. Pendant ce temps, en mission, Hélène affronte un mystérieux ennemi surnommé l'Hypnotiseur - qui détourne les écrans pour projeter des images hypnotiques afin de laver l'esprit et contrôler les civils - et réalise un premier exploit en sauvant un Maglev en péril. Après avoir sauvé une ambassadrice de ses griffes, Hélène parvient à capturer l'Hypnotiseur, mais ce dernier prétend ne pas se souvenir de ce qu'il a fait et révèle n'être qu'un livreur de pizza. Alors que le magnat et ses collaborateurs célèbrent la défaite de l'Hypnotiseur au sein du quartier général de DEVTECH, Hélène poursuit son enquête et se rend compte que l'homme était en fait contrôlé par des hypno-écrans présents dans ses lunettes. Quand elle révèle ses découvertes à la sœur de Winston, Evelyn Deavor, cette dernière lui pose les lunettes hypnotisantes par surprise. Evelyn se révèle être l'Hypnotiseur, considérant les supers comme une menace à l'indépendance de l'humanité et cherchant à déjouer la mission de reconquête du public menée par son frère. Agissant dans l'ombre, elle projette de laver le cerveau des dirigeants du monde pour qu'ils ne puissent pas légaliser à nouveau le travail des super-héros en tant que tels, ainsi que de laver celui des Super-héros afin qu'ils commettent des crimes pour se priver définitivement de toute chance de redevenir légaux un jour. Evelyn parvient alors à attirer Bob dans un piège, tandis que Lucius est débordé puis vaincu par d'autres Supers hypnotisés alors qu'il tentait de fuir avec les enfants Parr.