Synopsis:

En 1926, Gellert Grindelwald, le puissant mage noir, a disparu depuis deux ans. Pourtant, la menace est toujours aussi pesante. Certains sorciers extrémistes pensent qu'il serait nécessaire de révéler l'existence des sorciers à la population non magique, afin d'affirmer leur domination « pour le plus grand bien ». Chez les Non-Majs (terme américain pour Moldus), la secte des Fidèles de Salem sévit à New York, traquant les sorciers et sorcières pour les exterminer tous. À New York, des événements étranges se produisent, provoquant la stupéfaction tant des Non-Majs que des sorciers. Le directeur du département de la Justice magique du MACUSA (Magical Congress of the USA, Congrès magique des États-Unis d'Amérique), Percival Graves, enquête sur ces événements. On les décrit comme « une ombre avec des yeux », et tout laisse penser à un retour de Grindelwald même si Graves penche plutôt sur l'hypothèse d'une créature magique. En parallèle à son enquête, il demande à Croyance Bellebosse, le fils adoptif de Mary Lou Bellebosse, fondatrice des Fidèles de Salem, de retrouver dans l'orphelinat de sa mère un enfant sorcier particulièrement puissant pour le lui confier. Au fil du temps, Graves semble développer des idéologies similaires à celles de Grindelwald : il prône l'émancipation des sorciers par rapport au monde moldu, et l'enfant que Croyance doit lui remettre l'aidera à cela. Seulement, un soir, le sénateur Henry Shaw Jr., fils d'un riche éditorialiste, est assassiné durant une conférence par une force mystérieuse. Une réunion de crise est organisée au MACUSA : les représentants magiques de tous les pays sont réunis par Séraphine Picquery, Présidente du MACUSA. Mais l'assemblée est interrompue par l'arrivée de Tina Goldstein, ancienne Auror, avec une valise. Elle révèle que la veille est arrivé en ville Norbert Dragonneau, magizoologiste britannique, et que ses créatures se sont échappées. À son arrivée à New York, Norbert a en effet laissé s'échapper son niffleur, qui a infiltré une banque et volé une somme colossale d'argent. En le récupérant, il est surpris par Jacob Kowalski, un Non-Maj venu à la banque pour demander un prêt afin de pouvoir ouvrir une boulangerie, et qui a été refusé. Il échange sans le savoir sa valise et celle de Norbert. Lorsqu'il l'ouvre, c'est une catastrophe car celle-ci est magique et plusieurs des animaux qu'elle contient, occamy, demiguise, billywig, murlap, et éruptif, s'échappent. Norbert retrouve Jacob et les deux hommes sont ensuite hébergés par Tina et sa sœur Queenie, une legilimens, mais doivent leur fausser compagnie pour récupérer les animaux magiques. C'est en récupérant l'éruptif que Norbert et Jacob sont faits prisonniers dans la valise magique par Tina qui les mène au MACUSA. La présidente est formelle : la détention d'animaux d'élevage est interdite aux États-Unis. Tina, Jacob et Norbert sont enfermés, bien que Norbert reconnaisse les marques d'un obscurus - une entité maléfique créée par les jeunes sorciers (nommés dès lors des Obscurials), ayant réprimé leur magie à tel point qu'elle en devient néfaste et incontrôlable - sur les victimes de la créature sévissant en ville. Graves, comprenant que le danger rôde autour de New York, presse Croyance de lui retrouver l'enfant, et lui remet un collier représentant la marque de Grindelwald, le symbole des reliques de la Mort. Graves revient ensuite interroger Norbert, révélant la présence dans sa valise d'un obscurus, récupéré d'une jeune sorcière soudanaise décédée. Il fait condamner à mort Norbert et Tina, qui sont sauvés par Queenie et Jacob. Le soir même, Mary Lou Bellebosse est assassinée par la même force mystérieuse que celle qui a assassiné le sénateur Shaw. Soupçonnant d'abord Modesty Bellebosse, la sœur de Croyance, Graves va faire face à une révélation époustouflante : l'Obscurial qui sévit à New York est en réalité Croyance lui-même, ayant engendré un obscurus très puissant, puisque ceux-ci ne devraient pas pouvoir vivre au-dessus de dix ans et que Croyance en a une vingtaine. Refusant l'aide de Graves qui a trahi sa confiance, Croyance s'enfuit et saccage la ville, alors que Norbert et ses compagnons réunissent à peine toutes les créatures magiques dans la valise.