Synopsis:

Léon (Jean Reno) est un tueur à gages vivant seul au quartier de la Little Italy à New York. Ses contrats viennent d'un mafieux nommé Tony (Danny Aiello) qui opère depuis son restaurant le « Supreme Macaroni ». Léon passe son temps libre à faire des exercices physiques, prendre soin de sa plante d'intérieur (une Aglaonema) qu'il décrit comme sa « meilleure amie » et regarder des comédies musicales de Gene Kelly. Un jour, alors qu'il rentre à son appartement après avoir travaillé, il voit une voisine, Mathilda Lando (Natalie Portman), une jeune fille de douze ans, qui fume une cigarette. Il lui indique sa réprobation du tabagisme et il se rend compte qu'elle est livrée à elle-même dans une famille probablement peu aimante. Quelques jours plus tard, à nouveau de retour chez lui, il remarque qu'elle porte une marque à l’œil et qu'elle a les nerfs à vif. Elle lui demande si la vie se comporte durement uniquement pour l'enfance, ou pour toute la vie. Il lui répond avec aigreur que c'est comme ça tout le temps. Le père de Mathilda (Michael Badalucco) s'est attiré la colère d'agents corrompus de la DEA qui l'ont payé pour qu'il serve de « nourrice » en stockant de la cocaïne chez lui. Les policiers corrompus ont en effet découvert qu'il a volé une partie de la drogue pour lui-même. Alors que Mathilda est à l'extérieur en train de faire des achats chez un épicier, les agents montent dans l'immeuble. Ils sont menés par leur chef, Norman Stansfield (Gary Oldman). Cet homme est psychotique et drogué; il est si instable psychologiquement qu'il effraie tous les membres de son groupe. Tous les membres de la famille de Mathilda sont assassinés par arme à feu. La jeune fille arrive sur le palier alors que le massacre est en cours. Elle feint l'indifférence en passant devant l'appartement et poursuit jusqu'à la porte de Léon qui est au prolongement du couloir. Complètement bouleversée, elle frappe à plusieurs reprises, attendant, en pleurs, qu'il lui accorde l'asile. Léon, qui surveillait l'opération en cours par son judas, finit par ouvrir la porte au moment où l'agent qui surveillait le couloir commence à avoir des soupçons au sujet de Mathilda. L'orpheline, qui découvre rapidement que Léon est un tueur à gages, le supplie de l'accepter avec lui et de lui apprendre ses compétences de « nettoyeur » : elle veut venger la mort de son petit frère de quatre ans, le seul membre de sa famille qu'elle aimait vraiment. Elle se propose en retour comme femme de ménage et professeur pour remédier à l'illettrisme de Léon. Celui-ci accepte après avoir hésité et ils commencent à travailler ensemble. Alors qu'ils deviennent de plus en plus proches, Mathilda affirme plusieurs fois à Léon qu'elle est amoureuse de lui, mais il refuse de répondre. Ils apprennent à se connaître et Léon lui enseigne des techniques discrètes de codes, à faire en tapant du poing sur la porte, pour convenir que tout va bien. La petite fille gagne de l'expérience et augmente sa confiance en elle. Elle réussit un jour à localiser Stansfield et le suit à son bureau dans l'immeuble de la DEA pour essayer de le tuer ; mais elle se fait attraper par celui-ci. Léon, découvrant ses intentions après avoir lu un mot que Mathilda lui a laissé, se précipite au bâtiment et la sauve, tuant deux des hommes de Stansfield.