Synopsis:

Enfant, Bruce Wayne fuit l'enterrement de ses parents (un flash-back montre leur assassinat par un inconnu), puis tombe dans la caverne où une nuée de chauve-souris lui inspire son identité de héros. Des années plus tard, alors que Superman affronte le général Zod (événements vus dans le film Man of Steel) à Métropolis, Bruce tente de sauver des gens dans un bâtiment de Wayne Enterprises sans y parvenir complètement. Héros en activité depuis près de 20 ans à Gotham City sous l'identité de Batman, Wayne est persuadé que l'être surpuissant sera un jour la perte de l'Humanité et qu'il convient de se préparer à l'éliminer. Dix-huit mois plus tard, Clark se rend, sous son identité de Superman, en Afrique pour sauver Lois Lane prise en otage par des terroristes. Celle-ci comprend par la suite que l'opération a été montée par des mercenaires afin de tester de nouvelles munitions pouvant hypothétiquement blesser Superman et qu'elle visait aussi à faire un maximum de victimes pour incriminer le héros. Lex Luthor, PDG de la multinationale LexCorp, présente la kryptonite, un minéral radioactif découvert dans les débris du vaisseau de terraformation kryptonien tombé dans l'océan Indien, à un groupe de sénateurs. En effet, il veut en faire une arme de dissuasion contre Superman et obtient d'un sénateur la permission d'accéder au vaisseau kryptonien écrasé au centre de Métropolis et l'accès au corps du général Zod pour analyse. Clark Kent travaille toujours comme journaliste au Daily Planet et cherche à obtenir des informations sur le Chevalier Noir de Gotham City. Lors d'une conférence de presse de Lex Luthor, Bruce Wayne et Clark Kent se rencontrent, mais alors que Wayne est en mission d'infiltration et essaie de récupérer une copie des données des serveurs informatiques de Luthor, une jeune femme lui subtilise les informations récoltées. Bruce Wayne se rend compte que Superman peut être un danger pour la nation en abusant de sa toute-puissance, tandis que Superman veut faire cesser les actions violentes de Batman en s'interposant au cours d'une mission d'interception de l'homme chauve-souris en lui intimant que Batman est mort. Se voyant refuser en fin de compte l'autorisation de créer une arme capable de tuer des kryptoniens, Lex Luthor décide de manipuler la commission sénatoriale qui enquête sur les activités de Superman pour faire d'une pierre deux coups. En piégeant le fauteuil roulant d'un employé de Wayne Enterprises qui a perdu ses jambes suite aux destructions pendant le combat entre Superman et Zod, il élimine les sénateurs rétifs et sème le doute dans les esprits du public en montrant un Superman présent dans le Capitole pour répondre aux accusations contre lui mais incapable de contrer un acte terroriste simple. Le public est choqué par la destruction du Capitole et commence à regarder Superman d'un œil suspicieux. Tandis que Bruce Wayne décode les données des serveurs informatiques de Luthor que la mystérieuse voleuse a fini par lui restituer, le milliardaire fait un rêve d'un futur apocalyptique où Superman est devenu un dictateur sanguinaire à la tête d'une armée et qui exécute le chef de la résistance, Batman en lui arrachant le cœur. Bruce Wayne se réveille soudainement de ce cauchemar et voit un homme masqué surgissant d'un vortex temporel, qui lui crie un étrange message disant qu'il ne s'est pas trompé et que c'est Loïs Lane la clef. Le décodage des données accompli, Batman découvre que la mystérieuse femme apparait sur une photo prise après la Première Guerre mondiale en Belgique. Il obtient également des informations sur l'existence d'autres méta-humains comme Flash, Aquaman et Cyborg. Découvrant les laboratoires LexCorp détruits par Batman qui a récupéré la kryptonite, Lex Luthor utilise, pour se venger, le cadavre du général Zod et lui donne un peu de son sang pour une expérience de régénération au sein du vaisseau kryptonien afin de le transformer en monstre du nom de Doomsday. Luthor profite également de la situation pour accéder aux bases de données scientifiques de Krypton. Ayant deviné l'identité secrète de Batman et de Superman, il capture Lois Lane et Martha Kent, la mère de Clark, par le biais de ses hommes de main. Il jette Lois du sommet de la LexCorp Tower pour attirer Superman, qui la sauve, et dévoile son plan : il a tout fait pour attiser la haine de Batman envers Superman en provoquant l'explosion au Sénat américain et en accentuant la culpabilité de Bruce Wayne concernant les employés de Wayne Enterprises morts à Métropolis. Lex Luthor veut prouver que Superman n'est pas un dieu, car selon lui, on ne peut être tout puissant et bienfaisant, en le poussant à affronter Batman dans un combat à mort, et le menace de tuer Martha s'il ne rapporte pas la tête du Chevalier noir. Superman retrouve Batman pour lui demander de l'aide, mais ce dernier est déjà prêt à se battre et ne lui laisse pas le temps de s'expliquer. Un combat s'engage entre les deux super-héros. Batman parvient non sans mal à prendre l'avantage grâce à un gaz à base de kryptonite qui affaiblit Superman. Batman finit par le vaincre et lui dit qu'il n'est pas un dieu et qu'il n'a jamais été un homme. Alors que Batman s’apprête à porter le coup de grâce avec une lance en kryptonite, Superman lui demande de sauver Martha. Batman est perturbé, pensant qu'il fait allusion à Martha Wayne, sa propre mère. Il se prépare à l'achever, Lois Lane arrive alors et explique au justicier de Gotham que la mère de Clark s'appelle également Martha.