Synopsis:

En 2379, 200 ans après le suicide d'Ellen Ripley (Sigourney Weaver) sur Fiorina-161, des scientifiques militaires parviennent à recréer un clone à partir d'échantillons de sang collectés avant sa mort. Après que la reine alien a été extraite du ventre de Ripley et placée en captivité, le clone de Ripley est maintenu en vie sur le vaisseau spatial USM Auriga pour complément d'étude. Son ADN s'étant mélangé avec celui de l'alien pendant le processus de clonage, la « nouvelle » Ripley développe une force accrue et des réflexes surhumains, du sang acidifié et un lien empathique avec les aliens. Peu de temps après, un groupe de pirates de l'espace s'amarre à l’Auriga avec leur vaisseau, le Betty, et débarque une cargaison d'êtres humains mis en stase. Cette manœuvre orchestrée par le général Perez, commandant de l'USM Auriga, a pour but de fournir de nouveaux hôtes pour les aliens, et bientôt, douze d'entre eux sont enfermés dans les cellules de l’Auriga, et soumis aux premières expérimentations destinées à les domestiquer. L'équipage du Betty est autorisé à demeurer quelque temps à bord du vaisseau, mais c'est sans compter avec la curiosité de Call (Winona Ryder), jeune recrue du Betty qui croise Ripley, la reconnaît, et tente de la tuer la nuit venue, croyant qu'elle porte toujours la reine alien. Sa prévenance est inutile car bientôt les aliens parviennent à s'échapper en faisant fondre leur cage, et sèment la mort à bord du vaisseau. Livrés à eux-mêmes, les survivants du Betty accompagnés du Dr. Wren (J. E. Freeman), scientifique cruel responsable de la « résurrection » de Ripley, et d'un soldat nommé Distephano (Raymond Cruz) n'ont d'autres choix que de rejoindre le Betty pour espérer s'échapper. Dans leur périple au cœur de l’Auriga, plusieurs membres du groupe sont tués par les aliens. À la suite de la trahison du Dr. Wren, Call est notamment atteinte d'une balle en pleine poitrine, mais réapparaît plus tard, révélant au passage sa nature d'androïde. Se souvenant des paroles de Wren qui leur avait expliqué que l’Auriga était programmé pour retourner sur Terre, Ripley demande à Call de reprogrammer le vaisseau pour qu'il s'y écrase. Parvenus au Betty, Wren prend à nouveau Call en otage, exigeant qu'elle annule la collision. Mais c'est alors que Larry Purvis (Leland Orser), l'un des « hôtes » enlevé par l'équipage du Betty voit son chestburster « éclore », et profite de sa force pour tuer Wren. De son côté, Ripley, qui avait chuté quelques instants auparavant dans le nid des aliens, assiste à la naissance d'un « newborn », hideux mélange de traits humains et de traits aliens. Celui-ci ne naît désormais plus dans un œuf, mais via un utérus que Ripley a transmis à la reine grâce à son ADN. Le newborn reconnaît d'ailleurs Ripley comme sa mère et tue rapidement la reine alien.