Synopsis:

Peu de temps après, Ripley est réveillée par le médecin de la prison, le docteur Clemens, qui lui apprend qu'elle est la seule survivante de son équipage. Son vaisseau détruit, elle est alors contrainte de cohabiter avec les détenus pour lesquels elle constitue une tentation. En visitant des restes de l'EEV, elle note une marque laissée par de l'acide sur le cryotube de Newt. Pour en avoir le cœur net, Ripley demande à Clemens d'autopsier le corps de la fillette, en prétextant un risque de choléra. Clemens, suspicieux, accepte cependant l'autopsie, qui finalement ne donne rien. A la demande de Ripley, les corps de Newt et Hicks sont incinérés dans la fonderie. Mais au même moment, le chien Rottweiler d'un des prisonniers, présent lors de la récupération de l'EEV, est pris de convulsions et peu après un xénomorphe jaillit de son corps. De leur côté, Clemens et Ripley deviennent intimes et le docteur lui conte l'historique de la station : le pénitencier de « Fury » 161 abritait autrefois 5 000 détenus, chiffre désormais réduit à 25 avec lui-même comme médecin et deux superviseurs, le directeur Andrews et son adjoint Aaron. À la fermeture du centre, les derniers détenus ont décidé de rester, comme « gardiens des lieux » pour entretenir le haut-fourneau de la fonderie, et se sont créé une nouvelle religiona. Mais Clemens élude toutes les questions concernant son passé, de même que Ripley. Le lendemain, un détenu est tué dans une bouche d'aération. Arrivé sur place, Clemens est intrigué par une marque d'acide, similaire à celle trouvée dans la navette. Peu après, l'alien attaque un groupe de trois prisonniers isolés et en tue deux. Ayant eu connaissance de la marque d'acide, Ripley décide de reconnecter ce qui reste de l’androïde Bishop, dont le corps avait été jeté aux ordures. Ayant réchappé d'une agression d'un détenu grâce à l'intervention de Dillon, le « mentor » autoproclamé des prisonniers, elle active Bishop et lui demande d'analyser l'enregistreur de vol de l'EEV. Il lui confirme l'origine de l'incendie à bord du Sulaco, mais aussi qu'un alien les a suivis dans l'EEV, et que la compagnie Weyland-Yutani (l'ancien employeur de Ripley) est au courant de tout ce qu'il s'est passé à bord. Le prisonnier survivant de la dernière attaque de l'alien raconte alors ce qu'il a vu et Ripley confirme ses dires, finissant par raconter elle-aussi son passé. Mais le directeur Andrews et son adjoint Aaron refusent de la croire. Ils lui rétorquent également que, de toute façon, il n'y a pas d'armes dans cette station et que leur seul espoir réside dans le cargo de ravitaillement envoyé par Weyland-Yutani pour récupérer Ripley ; celle-ci est alors « mise en quarantaine » à l'infirmerie sur ordre d'Andrews. De son coté, Clemens finit par se livrer à Ripley, lui expliquant les circonstances de son arrivée ici, à savoir comment il provoqua un jour la mort accidentelle de 11 patients en se trompant sur le dosage de médicaments, après une garde ininterrompue qu'il avait fêté en se saoulant. Emprisonné sur Fury 161, il décida de rester avec les autres détenus car il n'avait nulle part ailleurs où aller. Alors qu'il fait une piqûre d'un reconstituant à Ripley, affaiblie et patraque, Clemens est tué par l’alien mais, étrangement, épargne Ripley pour une raison inconnue. L'alien parti, Ripley court prévenir les autres mais Andrews est brutalement emporté à son tour par l'alien, sous les yeux des autres prisonniers.