Synopsis:

Durant la préparation de la mission Prometheus, Peter Weyland ordonne à un androïde de prendre part à la mission. Weyland se présente comme le « créateur » de l'être synthétique et lui explique que cette mission a pour but de connaitre les créateurs des humains. Weyland demande ensuite à l’androïde de s’attribuer lui-même un prénom. Après avoir contemplé dans la pièce où sont Weyland et l'androïde la célébrissime statue de Michel-Ange ou une réplique de celle-ci, il choisit alors « David ». Des années plus tard, en 2104, l'USCSS Covenant est un vaisseau spatial de la société Weyland-Yutani1. À son bord, un équipage d'une quinzaine de membres (dont un androïde bâti sur le même modèle que David, Walter) qui transporte plus de 2 000 colons en hibernation et 1 140 embryons humains. Le vaisseau vole vers Origae-6, une planète habitable, afin d'y implanter une colonie. Après une éruption stellaire voisine, une importante avarie tue plusieurs personnes, dont le capitaine Jacob Branson. En réparant leur vaisseau, l'équipage reçoit un message mystérieux provenant d'une planète inconnue. Cette planète, plus proche que la destination initiale du Covenant, présente aussi des conditions plus propices à l'installation d'une colonie. Contre l'avis du premier officier et veuve de Branson, Daniels, le capitaine en second, Oram, décide de changer le plan de route du Covenant et d'aller enquêter sur cette nouvelle planète. Arrivés sur place, une équipe composée d'une dizaine de personnes est envoyée en reconnaissance sur la planète tandis que le vaisseau reste en orbite avec les trois derniers membres d'équipage. Ils finissent par localiser la source du message : l'épave d'un vaisseau d'origine inconnue, dernier vestige de l'expédition Prometheus venue dix ans auparavant2,3, et découvrent que la voix du message était celle du docteur Shaw. Dans le même temps, à l'insu de tous, deux membres de l'équipage sont infectés par un spore extra-terrestre et commencent à être pris de convulsions. L'un d'eux, Ledward, est ramené d'urgence à la navette pour être examiné, mais meurt rapidement lorsqu'une créature cauchemardesque s'extirpe de sa moelle épinière. Très agressive, celle-ci s'en prend ensuite au docteur Oram, la femme du commandant. En essayant d'abattre la créature, Faris, la pilote, tire par accident sur les réservoirs de carburant de la navette qui s'enflamment aussitôt. Les deux femmes périssent dans l'explosion tandis que la créature arrive de justesse à s'enfuir et qu'une autre créature s'extirpe du corps du second membre infecté de l'équipage. Peu après, les deux créatures, les Néomorphes, attaquent le groupe et un autre membre est tué, Walter y laissant sa main gauche en voulant protéger Daniels. Ils sont sauvés par un homme encapuchonné qui se révèle être l'androïde David, unique survivant du Prometheus. David les conduit jusqu'à une gigantesque nécropole où il s'est établi. Il leur raconte comment il a survécu seul sur la planète pendant dix ans après que le docteur Elisabeth Shaw, seule autre rescapée du Prometheus, soit morte dans l'accident. Il est révélé également que celle-ci avait reconstruit l'androïde suite au désastre de la mission et que celui-ci l'aimait profondément. Un retour en arrière montre alors que David a tué la population de la ville (qui est devenue depuis une nécropole) à l'aide de l'agent pathogène noir trouvé sur LV-223 et exterminé ainsi toute forme de vie animale, en somme de la "viande", à la surface de la planète. Autrefois peuplée d'Ingénieurs et d'animaux, celle-ci n'abrite désormais plus que les créatures hostiles nées de la fusion du pathogène avec l'environnement et responsables de la décimation de l'équipage, alors que les formes de vie végétales ne sont pas affectées par le pathogène. Quand l'équipage essait désespérément de rétablir le contact avec le Covenant, un de leurs membres, Rosenthal, est tué par un Néomorphe ayant réussi à s'introduire dans la nécropole. La créature est abattue par Oram malgré les protestations de David qui semble avoir une grande influence sur elle. Perplexe, le capitaine demande des explications à l'androïde. David fait visiter à Oram ce qui ressemble à l'atelier d’expérimentations biologiques des Ingénieurs. Le robot explique qu'il s’était mis à étudier seul les différentes mutations du pathogène tout en développant un certain mépris pour les humains et une fascination pour les créatures extraterrestres. David montre à Oram différentes mutations de créatures, expliquant qu'il a essayé de comprendre celles-ci au point d'en développer génétiquement de nouvelles versions, jusqu'à une expérience qui attendait un dernier élément pour être complète. Oram suit ensuite David dans une salle contenant plusieurs œufs et, sur ses instructions, s'approche de l'un d'entre eux de telle sorte que celui-ci s'ouvre et qu'un Facehugger en émerge, s'accrochant au visage d'Oram. Oram se réveille quelques minutes plus tard sous le regard de David et un Xénomorphe émerge de sa cage thoracique.