Synopsis:

Le commandant Ellen Ripley, unique survivante du cargo spatial Nostromo (détruit dans le premier film), dérive dans l'espace à bord d'une navette de sauvetage, endormie en biostase (sommeil artificiel). Sa navette est finalement retrouvée en 2179, soit cinquante-sept ans plus tard et rapatriée sur la station spatiale Gateway, en orbite autour de la Terre. Admise à l'unité médicale de la station, Ripley récupère difficilement de sa biostase, victime de cauchemars récurrents où un Alien sort de son corps. Après sa convalescence, Ripley est convoquée par son ancien employeur, la compagnie Weyland-Yutani qui lui demande de justifier la perte de l'équipage et du vaisseau Nostromo dont elle avait la charge. Lors de la réunion, celle-ci décrit la lutte qu'elle a dû mener avec ses camarades contre une créature extraterrestre inconnue. Cependant, son récit est mis en doute par la compagnie ; en effet, la planète LV-426 sur laquelle (selon Ripley) l'équipage du Nostromo est entré en contact avec un Alien, a été colonisée à cette date depuis vingt ans, sans que personne n'ait remarqué la moindre présence d'un organisme hostile. À l'issue de la réunion, Ripley est sanctionnée pour la perte du Nostromo et de sa couteuse cargaison, la compagnie décidant malgré tout de ne pas l'attaquer en justice à condition qu'elle se soumette volontairement à des examens psychiatriques tous les six mois. De plus, elle voit sa licence de vol suspendue pour une durée indéterminée et se retrouve donc contrainte à trouver un emploi de seconde zone, en tant que manutentionnaire sur les docks spatiaux, pour vivre. Quelque temps après, Ripley est contactée par Carter Burke, l'avocat de la compagnie, accompagné du lieutenant Gorman des Marines coloniaux. Il s'avère que la liaison avec LV-426 a été mystérieusement interrompue et la compagnie souhaite envoyer sur place une unité de Marines pour enquêter. Burke propose à Ripley de les accompagner en tant que consultante. Traumatisée par sa précédente expérience, celle-ci refuse tout d'abord, malgré le fait que Burke lui garantit sa réintégration en tant que commandant de bord. Mais Ripley change cependant d'avis une nuit, après un nouveau cauchemar et accepte de les accompagner lorsque Burke lui promet que les aliens, s'ils sont découverts sur cette planète, ne seront pas conservés pour étude mais détruits. En route vers LV-426 à bord du Sulaco, le vaisseau spatial des Marines, Ripley fait la connaissance de l'équipe de sauvetage. Placés sous le commandement du lieutenant Gorman — qui s'avère être un officier assez inexpérimenté —, tous ces « gros bras » bravaches et vantards sont persuadés qu'il s'agit d'une simple mission de routine. À deux exceptions près : le placide caporal Hicks et l'androïde Bishop, ce dernier étant immédiatement pris en grippe par Ripley, Bishop lui rappelant avec amertume Ash (en), l'androïde du Nostromo qui avait tenté de la tuer. Lors du briefing, Ripley explique à l'équipe ce qu'elle sait de la créature, mais personne ne semble la prendre au sérieux. Arrivés sur LV-426, l'équipe de sauvetage s'envole en navette et débarque en force sur la base de la colonie. Entrant dans la base, l'équipe découvre des traces de violents combats, mais ne retrouve cependant aucun colon. Se rendant dans le laboratoire de la colonie, les soldats découvrent quatre tubes en verre contenant chacun un facehugger (le premier stade de l'Alien), ainsi qu'un rapport médical qui mentionne que deux de ces créatures sont encore en vie et que les colons sur lesquels ils s'étaient accrochés sont tous morts, tués lors de l'intervention chirurgicale visant à les sauver. C'est alors qu'un détecteur de mouvement des Marines capte le signal d'une créature s'approchant dans le couloir. Croyant avoir affaire à un xénomorphe, l'équipe découvre cependant Newt, une fillette survivante qui se cachait seule dans une galerie de maintenance de la colonie depuis plusieurs semaines. Ripley se prend immédiatement d'affection pour cet enfant traumatisée, mais Newt la met en garde : selon elle, même des militaires armés seraient impuissants face à ce qu'elle a vécu. Poursuivant leur recherche, les soldats localisent finalement les colons grâce à leurs émetteurs personnels. Apparemment, les colons sont tous regroupés au niveau du « processeur atmosphérique » du complexe, une gigantesque installation produisant l'air respirable de la planète. Les Marines se rendent ensuite sur place à bord d'un engin de sol blindé, mais sont contraints par le lieutenant Gorman (qui reste à l'intérieur du véhicule pour superviser la patrouille par vidéo, avec Ripley et Burke) de ne pas utiliser les munitions explosives de leurs armes, sous peine de faire exploser le processeur atmosphérique de la colonie (celui-ci fonctionnant schématiquement, leur dit Burke, comme une centrale nucléaire). Esquisse de l'environnement de la base dans le film, dessinée par H. R. Giger. S'enfonçant à pied au cœur du complexe, les soldats découvrent alors un environnement étrange, notamment des murs alentours recouverts de sécrétions organiques à l'aspect inquiétant. Guidés par le signal des émetteurs, les soldats découvrent finalement les colons, apparemment tous morts et engoncés dans des sortes de « cocons » de la même matière qui orne les murs. En tentant de sauver une survivante, les Marines assistent avec horreur à l'éclosion d'un chestburster du corps de celle-ci, qu'ils tuent au lance-flammes. Mais bien vite, ils sont victimes de l'attaque de dizaines d’Aliens qui surgissent et leur tombent dessus par surprise : le soldat Frost est involontairement tué par le lance flamme de Dietrich au moment même où celle-ci est emportée par un Alien. Les soldats Crowe et Wierzbowski sont tués dans l'explosion du sac de munitions explosives tenu par Frost. Enfin, le sergent Apone est emporté à son tour. Seuls les tirs des mitrailleuses de Vasquez et Drake — qui ont désobéi aux ordres du lieutenant Goreman, et le fusil à pompe de Hicks, permettent de tenir les aliens en respect. Devant l'inefficacité de Gorman, rapidement dépassé par les événements, Ripley prend les commandes du transport de troupes qui sert de QG mobile aux Marines et fonce secourir les soldats encore en vie, défonçant une paroi avec le véhicule pour les faire sortir. Le caporal Hicks, ainsi que les soldats Hudson, Vasquez et Drake sont les seuls de l'escouade à parvenir à rejoindre en vie le blindé, mais Drake perd finalement la vie, touché par un jet d'acide d'un Alien. Durant la fuite du véhicule, Gorman est assommé lors d'un choc et perd connaissance. Une fois hors de danger, l'équipe décide, et ce malgré les protestations de Burke, de retourner au Sulaco afin de détruire le complexe en lançant depuis l'espace une charge nucléaire sur la colonie. Mais, alors que la navette de transport vient les chercher, un Alien, qui s'est apparemment introduit dans l'aéronef, tue vraisemblablement le mécanicien Spunkmeyer avant de s'en prendre au pilote Ferro ; l'engin, hors de contrôle, s'écrase non loin du processeur atmosphérique, l’endommageant. Échappant de peu à l'explosion de l'aéronef, les survivants sont alors contraints de retourner se barricader dans le complexe, dans l'espoir de survivre jusqu’à l'arrivée d'une hypothétique équipe de secours (dans au minimum dix-sept jours, selon Hicks). Gorman étant toujours hors de combat, Hicks et Ripley prennent les choses en main. Consolidant des barricades déjà mises en place par les colons, ils installent quatre tourelles-canons automatiques dans deux couloirs, pour interdire l'accès de leur refuge aux xénomorphes. Pendant ce temps, l’androïde Bishop, ayant analysé les facehuggers capturés par les colons, en déduit qu'une créature — probablement une reine — en est à l'origine. Ripley lui demande ensuite de détruire les spécimens mais Burke s'y oppose, car ces créatures ont selon lui une énorme valeur pour la recherche en bio-armement. Ripley découvre ensuite que c'est Burke qui est responsable de l'infestation de la colonie après avoir autorisé l'exploration du vaisseau extraterrestre qui contenait les œufs Aliens. Peu après, les deux canons du premier couloir sont attaqués par les Aliens ; arrivant à court de munitions, ils sont submergés par le nombre. Cependant, une autre menace plane sur les survivants : le réacteur nucléaire du processeur atmosphérique, devenu instable à la suite du crash de la navette, menace d'exploser dans les prochaines heures. Bishop se porte volontaire pour aller jusqu'à l'émetteur radio de la base, afin de radiocommander la seconde navette de transport du Sulaco jusqu'au complexe. C'est alors que les deux autres canons automatiques arrivent eux aussi à court de munitions après un bref engagement, mais parviennent à arrêter le déferlement des Aliens qui abandonnent pour un temps leur assaut.