Synopsis:

Le Soldat de l'Hiver a autrefois été conditionné dans une base militaire soviétique sibérienne d'HYDRA, conditionnement activé à l'aide de certains mots-clefs. Quiconque prononce ces mots en russe plonge le Soldat de l'Hiver en transe et peut lui donner n'importe quel ordre sans qu'il puisse désobéir. C'est ainsi qu'en 1991, le Soldat de l'Hiver a provoqué l'arrêt brutal d'une voiture pour s'emparer dans son coffre d'une valise avec un étrange contenu. Aujourd'hui, à Lagos, au Nigeria, les Avengers essaient de neutraliser un commando de mercenaires dirigé par Brock Rumlow (alias Crossbones, un vieil ennemi de Captain AmericaN 1), en train d'attaquer un institut pour maladies infectieuses (Institute For Infectious Diseases en anglais). Rumlow s'empare d'une arme biologique et la confie à l'un de ses équipiers. Les mercenaires tentent de s'échapper mais sont rattrapés par les Avengers. Rumlow préfère rester pour combattre Captain America. Après le combat, Rumlow distrait Rogers en lui parlant de Bucky Barnes pour tenter de déclencher une ceinture d'explosifs qu'il porte en cachette. Afin d'empêcher que Rumlow ne mette des civils en danger, Wanda Maximoff crée un champ de force autour de lui et l'envoie dans les airs, mais elle perd le contrôle du champ de force et l'explosion se répand près d'un immeuble et provoque la mort de nombreux civils. Aux États-Unis, Tony Stark se présente à une conférence du MIT pour annoncer à des jeunes étudiants (ayant des projets pour améliorer l'avenir) que la Fondation Septembre (dont Pepper Potts est la présidente) leur accorde sa première bourse, mais pense de plus en plus à ses défunts parents qui lui manquent et à Pepper qui est en froid avec lui. Il croise alors une femme venue le confronter à ses responsabilités : elle avait un fils que les Avengers n'ont pas pu sauver lors de la bataille contre Ultron en SokovieN 2. Un mois après les événements de Lagos, les médias annoncent que onze citoyens du Wakanda, un petit État africain, figurent au nombre des victimes de l'affrontement entre les Avengers et les mercenaires. Le Général Thaddeus Ross, devenu Secrétaire d'État, vient avec Tony Stark au QG des Avengers leur montrer les victimes collatérales des événements de New YorkN 3, de WashingtonN 1, de Sokovie et de Lagos. Depuis quatre ans, les Avengers ont opéré sans aucun contrôle, ce que les gouvernements du monde ne peuvent plus tolérer. Ross annonce qu'une solution a été trouvée en la forme des Accords de Sokovie, texte approuvé par 117 nations et qui stipule que, désormais, les Avengers ne seront plus une organisation privée et opéreront sous le contrôle d'un comité des Nations unies et uniquement lorsque ce comité l'aura jugé nécessaire, ce qui veut dire que les Avengers n'interviendront dans un conflit que lorsque l'ONU l'aura décidé. Tony Stark, James Rhodes, Vision et Natasha Romanoff acceptent de se soumettre, estimant qu'ils doivent accepter certaines limites ; Wanda Maximoff hésite tandis que Steve Rogers et Sam Wilson refusent, considérant que les politiciens des Nations unies n'utiliseront les Avengers que pour servir leurs intérêts. La tension monte au sein de l'équipe et Captain America met fin à la réunion lorsqu'il apprend que Peggy Carter, son amour de jeunesse, vient de mourir dans son sommeil. Pendant ce temps, à Cleveland, dans l'Ohio, un mystérieux individu, dénommé Helmut Zemo, assassine un ancien membre d'HYDRA afin de récupérer des dossiers cachés, notamment le code permettant d'activer le conditionnement du Soldat de l'Hiver. Pendant que Steve Rogers assiste aux obsèques de Peggy Carter à Londres et passe un peu de temps avec sa nièce Sharon Carter (qui s'avère être l'agent chargé de sa surveillance lorsqu'il habitait à Washington), le roi du Wakanda, T'Chaka, et son fils le prince T'Challa, se présentent à une assemblée à Vienne, où les représentants des Nations unies doivent ratifier les Accords. Pendant la réunion, une bombe explose et le roi T'Chaka est tué. Le suspect filmé en train de s'enfuir est identifié comme étant Bucky Barnes ; le prince T'Challa jure de le retrouver et de venger son père. Steve Rogers décide de retrouver Barnes avec l'aide de Sam Wilson. L'agent Sharon Carter lui annonce que la cache du Soldat de l'Hiver a été découverte et qu'il va être rapidement éliminé. Rogers et Wilson prennent de vitesse une unité des forces spéciales allemandes et attendent Barnes dans son repaire de Bucarest. À son arrivée, Rogers l'interroge et Barnes lui jure qu'il n'a pas commis l'attentat ; convaincus, Rogers et Wilson l'aident à s'enfuir. À ce moment, le prince T'Challa, sous le costume de la Panthère Noire, une armure noire en vibranium, essaie de tuer Barnes. Après un violent combat et une course-poursuite, les forces spéciales, appuyées par War Machine, les forcent à se rendre. Rogers, Wilson, Barnes et T'Challa sont conduits dans un centre de détention de Berlin où les attend Stark. De plus en plus excédé, il leur intime de signer les accords sous peine d'être déclarés hors-la-loi. Rogers refuse en apprenant que Stark fait retenir Wanda Maximoff prisonnière sous la surveillance de Vision sur ordre du Secrétaire Ross parce qu'il se méfie de la puissance de ses pouvoirs télékinétiques.