Synopsis:

L'opinion publique se retourne contre les super-héros en raison des dommages collatéraux causés par leurs actions. Après plusieurs procès, le gouvernement crée un programme qui forcent les super-héros à garder leurs identités secrètes sur le long terme, et qui rend leurs actions illégales. Quinze ans plus tard, Bob et Helen Parr — anciennement connus sous les noms de M. Indestructible et de Elastigirl — ont maintenant trois enfants, Violette, Flèche et Jack-Jack, et vivent dans une petite maison de banlieue à Métroville. Même s'il aime sa famille, Bob s'ennuie dans la routine sa vie de banlieue et de son travail dans une entreprise insipide. Avec son meilleur ami Lucius Best, anciennement connu sous le nom de Frozone, il en vient même à jouer les justiciers illégalement pour se rappeler des jours heureux. Un jour, son superviseur l'empêche d'intervenir pendant un racket. Bob perd son sang-froid et le blesse, et se fait licencier. De retour chez lui, Bob reçoit un message d'une femme qui se fait appeler Mirage, qui lui donne la mission de détruire un robot tripode hors de contrôle, l'Omnidroïde 08, sur l'île lointaine de Nomanisan. M. Indestructible le combat et le désactive en détruisant sa propre source de pouvoir. M. Indestructible trouve l'intervention, ainsi que la grosse somme qu'il reçoit, rajeunissante. Ses relations avec sa famille s'améliorent et il regagne une endurance physique tout en continuant de travailler pour Mirage pendant deux mois. En voyant une déchirure dans son costume, il rend visite à la costumière pour super-héros Edna Mode pour qu'elle le rafistole. Pensant que Helen sait ce que Bob fait, Edna crée également de nouveaux costumes pour toutes la famille. Envoyé une nouvelle fois sur Nomanisan, M. Indestructible découvre que Mirage travaille pour Buddy Pine, un ancien fan de lui qu'il avait rejeté plus jeune. Devenu Syndrome, il peaufine les Omnidroïdes et engage plusieurs super-héros pour les combattre, ce qui en élimine beaucoup. Son plan ultime est d'envoyer le dernier Omnidroïde à Métroville, puis de le contrôler pour qu'il donne l'impression de le vaincre pour devenir un héros aux yeux des gens. Il compte ensuite vendre ses inventions aux gens pour que tout le monde soit "super", et que finalement, personne ne le soit plus. Helen rend visite à Edna et apprend les manigances de Bob. Elle active une balise qu'Edna avait glissé dans la combinaison de M. Indestructible, ce qui le fait capturer accidentellement alors qu'il s'infiltrait dans la base de Syndrome. Elastigirl emprunte un jet privé pour se diriger à Nomanisan. Elle découvre ensuite que Violette et Flèche ont fugué de la maison et ont embarqué avec elle, laissant Jack-Jack avec une babysitter. Les transmissions radio d'Elastigirl sont remarquées par Syndrome, qui envoient des missiles pour l'éliminer. L'avion est détruit, mais Elastigirl et les enfants survivent grâce au pouvoir d'Elastigirl. Ils arrivent sur l'île. Helen s'infiltre dans la base et découvre le plan de Syndrome. Quand elle voit que Syndrome est indifférent lorsque sa vie est en danger, Mirage libère M. Indestructible et l'informe que sa famille a survécu est sur l'île. Helen arrive et part avec M. Indestructible pour retrouver leurs enfants, qui sont chassés par les gardes de Syndrome, qu'ils ont su tenir éloignés assez longtemps avant que leurs parents n'arrivent. Syndrome les capture tous et les emprisonne alors qu'il envoie l'Omnidroïde à Métroville.