Synopsis:

Autrefois, Imelda Rivera était mariée à un musicien talentueux. Ce dernier avait quitté sa femme et sa fille, Coco, pour poursuivre sa carrière musicale. En représailles, Imelda avait banni toute musique dans sa famille et créé une entreprise de cordonnerie, transmise de génération en génération. Dans le présent, son arrière-arrière-petit-fils, Miguel, âgé de 12 ans, vit avec sa famille, et Coco, son arrière-grand-mère, dans le petit village mexicain de Santa Cecilia. Il rêve de devenir un musicien comme Ernesto de la Cruz, star de la chanson et du cinéma, de la même génération qu'Imelda (ce dernier est mort lors d'une représentation, quand une énorme cloche lui est tombée sur la tête). Lors des préparatifs de la Fête des Morts, Miguel casse accidentellement le cadre de la photographie d'Imelda, au centre de l'autel, et découvre que son mari (dont la tête a été arrachée de la photographie) tenait la célèbre guitare blanche d'Ernesto. Plus tard dans la soirée, quand Miguel fait part à sa famille de son intention de participer au concours de talents du Jour des Morts, sa grand-mère Elena détruit sa guitare. Furieux, il quitte la maison et se dirige vers le cimetière de la ville. Persuadé d'être l'arrière-arrière-petit-fils d'Ernesto, Miguel entre dans son mausolée et vole sa célèbre guitare pour participer au concours. Alors qu'il joue un accord, il devient invisible aux yeux de tous les villageois, excepté du chien errant Dante qui le suit partout (un xolo), ainsi que de ses ancêtres décédés en visite depuis le Pays des Morts pour l'occasion. Alors qu'ils y amènent Miguel, ils découvrent qu'Imelda n'a pas pu traverser le Pont car sa photographie a été retirée de l'autel. Miguel apprend également qu'il doit retourner dans son monde avant l'aube sous peine de devenir un squelette et de ne plus pouvoir y revenir. Pour cela, il doit recevoir la bénédiction d'un membre de sa famille via un pétale de rose d'Inde, pour briser la malédiction subie au moment du vol de la guitare d'Ernesto. Imelda donne sa bénédiction à Miguel à la condition qu'il abandonne son rêve de musicien. Miguel refuse, et s'en va quérir la bénédiction d'Ernesto de la Cruz. Dans sa fuite, Miguel rencontre Héctor, un squelette malchanceux qui a autrefois joué avec Ernesto : il lui propose de l'aider à le rencontrer. En retour, Héctor demande à Miguel de rapporter sa photo dans le monde des vivants pour qu'il puisse rendre visite à sa fille, avant qu'elle ne l'oublie et qu'il ne disparaisse totalement. Quand Héctor apprend que Miguel a d'autres parents, en plus d'Ernesto, qui le cherchent activement, il essaie de le ramener aux siens, mais Miguel s'échappe et réussit à infiltrer le manoir de de la Cruz ; il apprend également que l'amitié entre Ernesto et Héctor a mal tourné avant le décès de ce dernier. Ernesto accepte Miguel comme son descendant, mais Héctor les confronte, implorant Miguel de prendre sa photo avec lui. Il réalise alors la vérité sur sa mort : alors que les deux amis étaient en tournée, Héctor avait voulu rentrer chez lui retrouver sa famille. Ernesto l'avait donc empoisonné, et en récupérant ses affaires, s'était approprié la guitare blanche et les textes de ses chansons, consignées dans un carnet, puis avait construit seul sa célébrité. Ernesto vole la photo et fait jeter Miguel et Héctor dans un cénote.